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宝德服务器: 科研必要保证 宝德落户北大深研院HPC项目

上传:风潇龙     来源:信息存储服务     日期:2011-12-19

[摘要]  
   宝德科技在对北大深研院应用的特点进行深入的研究以后,结合自身从事HPC项目的多年经验以及Intel的技术支持,专门为北大深研院设计了一套满足大规模分析计算的超级并行计算机集群系统。
 
[正文]    

   北京大学深圳研究生院(以下简称北大深研院)创建于2003年,现设有化学基因组学实验室和纳米微米材料研究中心。作为教育部“化学基因组学”专业二级学科博士授予点,学院建立了独立的学术委员会,旨在培养从事化学生物学研究的高层次科研人才。为了满足化学基因组学实验室的研究需要,北大深研院准备采购一套高性能计算系统用以辅助化学基因组学的研究。

   客户需求:

   北京大学深圳研究生院化学基因组学实验室始建于2003年6月,实验室为深圳市重点实验室,已经通过广东省重点实验室立项审核,目前实验室面积已经超过3000平方米。

   实验室主要从事包括生物学、有机合成化学、计算化学在内的交叉学科研究。化学基因组学是运用化学分子探针来系统地研究特定生物学靶点的和生物学过程的新兴学科。开展化学基因组学的研究,对开发我国具有自主知识产权的新的药物靶点和治疗药物具有重要的战略意义。

宝德服务器: 科研必要保证 宝德落户北大深研院HPC项目

   目前,化学基因组学实验室正在致力于抗病毒和抗肿瘤药物的研究,重点研究治疗严重危害人健康的恶性肿瘤及病毒性传染疾病(如HIV和HCV等),并积极地参与国家新药创新研究体系的建设。

   实验室目前拥有核磁共振、气质联用、高效液相色谱、PCR仪、超速离心机等先进的科研设备。为了满足化学基因组学实验室的进一步研究需要,北大深研院采购一套高性能计算系统。

   方案设计:

   宝德科技在对北大深研院应用的特点进行深入的研究以后,结合自身从事HPC项目的多年经验以及Intel的技术支持,专门为北大深研院设计了一套满足大规模分析计算的超级并行计算机集群系统。

   该系统结合相关软件进行生物分子模拟、量子化学计算等,以上均属于计算密集型高性能计算,因此整个HPC系统对CPU的性能要求较高,并且要求CPU核心数量有较好的可扩展性。

   方案详情:

   宝德科技为北大深研院建立一个用于科研应用的HPC环境,在本项目中共采用10台宝德双子星PR1760TN做计算节点,总计算节点多达 20个,其中每计算节点配置2个Intel Xeon 六核E5646处理器,单个主频高达2.4GHz,总核心数达到240核,总浮点计算能力高达230.4Tflots。;采用1台PR2012NS存储服务器做作业调度及监控管理节点、I/O存储节点,配置9个2TB企业级SATA硬盘,3个600G 15000转SAS硬盘,总存储容量高达19.8TB;采用千兆交换机互联系统,大规模机房管理KVM切换系统、监控系统以及内置控制台等共同构成了高速计算、海量数据传输的集群系统。

   方案拓扑:

宝德服务器: 科研必要保证 宝德落户北大深研院HPC项目

   本方案具有以下特点:

   采用Rocks中间件实现节点管理、任务分发和集群监控,使用MPI的优化通信库模块来实现节点之间的进程通信,近乎达到大型机中多进程间消息传输机制的效率,再加上一套完整的Intel优化编译工具和函数库等软件来优化应用,使系统的性能得到充分的发挥,成为高校高性能计算系统推广的表率之一。

   客户收益

   该HPC高性能计算集群系统的成功应用,为北大深研院化学基因组学的研究提供了必要保证,不仅能提高科研工作的计算效率,大大缩短了以前计算所需时间,还能极大的促进该校化学基因组学的发展,同时也为社会、为国家培养了从事化学生物学研究的高层次科研人员。

(新闻稿 2011-12-19)


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